藥械部于2014年重新組建并更名，于2003年成立臨床藥學(xué)室并開展血藥濃度監(jiān)測(cè)，是云南省第三家開展此項(xiàng)目的醫(yī)院，藥械部是集藥品采購(gòu)供應(yīng)、藥品調(diào)劑、臨床合理用藥指導(dǎo)、教學(xué)、科研為一體的綜合科室。現(xiàn)由調(diào)劑科、采購(gòu)供應(yīng)科、臨床藥學(xué)科、制劑室四個(gè)部門組成。調(diào)劑科包含本部門診藥房、本部中心藥房、本院靜脈藥物配置中心（PIVAS）、審方中心、北城中心藥房、北城PIVAS、東城藥房、口腔醫(yī)院藥房共8個(gè)部門。藥械部的發(fā)展已經(jīng)由被動(dòng)藥品供應(yīng)保障工作向主動(dòng)提高優(yōu)質(zhì)藥學(xué)服務(wù)方向轉(zhuǎn)變，積極支持醫(yī)院臨床科室的藥品保障供應(yīng)、合理用藥，擴(kuò)大了科室的專業(yè)度和知名度，提升了自身素質(zhì)。

目前共有126人，其中研究生學(xué)歷16人，本科學(xué)歷89人。正高專業(yè)技術(shù)人員2人，副高專業(yè)技術(shù)人員20人，中職專業(yè)技術(shù)人員38人，初級(jí)專業(yè)技術(shù)人員49人。

藥房共有5臺(tái)智能化設(shè)備，其中包括4臺(tái)智能化包藥機(jī)、1臺(tái)整盒發(fā)藥機(jī)，承擔(dān)了全院藥品的儲(chǔ)存、養(yǎng)護(hù)、配送等工作。

2006年成立曲靖市首家靜脈藥物配置中心，2015年成功申報(bào)國(guó)家級(jí)臨床藥師規(guī)培基地，2017年成為曲靖市藥事管理與臨床藥學(xué)質(zhì)控中心掛靠科室，2018年11月籌建審方中心，2019年4月在云南省率先上線處方前置審核系統(tǒng)，2020年成立GCP藥房。

制劑室專業(yè)從事醫(yī)療機(jī)構(gòu)制劑的研究、開發(fā)與配制。制劑室現(xiàn)有制劑品種76個(gè)，可配制28種劑型。是市政府批準(zhǔn)設(shè)立的曲靖市天然藥物研發(fā)中心，是云南省民族民間醫(yī)藥學(xué)會(huì)民族藥制劑專委會(huì)的主委單位?，F(xiàn)有院外調(diào)劑使用單位11家，調(diào)劑至院外品種共22個(gè)。

科室先后申報(bào)省級(jí)科研項(xiàng)目1項(xiàng)，市級(jí)、院部級(jí)及昆明醫(yī)科大學(xué)科研項(xiàng)目5項(xiàng)，曲靖市科技進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)，發(fā)表北大核心期刊1篇，科技核心期刊10余篇，中文期刊數(shù)篇。科室曾獲國(guó)家級(jí)品管圈優(yōu)秀獎(jiǎng)、省級(jí)三等獎(jiǎng)，并在其他全國(guó)性藥學(xué)比賽中多次問鼎，在云南省藥師技能大賽中榮獲一、二等獎(jiǎng)，在院內(nèi)舞蹈、合唱、演講等比賽中均摘得桂冠。